迷你特工队赶走了杰苏之后,通过恐龙星球的科技得到了全新的超级恐龙力量。但是新的敌人又来到了地球上,他就是怪诞博士,他认为自己才是这个星球上唯一的超级英雄,通过赋予万物邪恶的力量来对城市进行破坏。于是迷你特工队又有了新的任务,阻止力量队长,保护城市!新的恐龙伙伴,新的伙伴,新的武器装备,新的机甲!迷你特工队,重新出发!…